Jajaran pengelola SMA Negeri 1 Lenteng, mulai dari Kepala Sekolah, Wakasek, Kasubag TU, dan Guru, serta staf Tata Usaha memperketat Pemberlakuan Protokol Kesehatan (Prokes) saat Pandemi Covid-19 masih merebak. Dikarenakan warga sekolah masuk sekolah, yakni siswa masuk secara 'shif' atau bergantian, setiap pagi harus dicek suhu mereka di pintu masuk sekolah oleh guru piket. Mereka (siswa) yang datang harus mencuci tangan sebelum masuk ruangan dan mengenakan masker selama berada di lingkungan sekolah.

Kebijakan saat pandemi COVID-19, pada zona kuning penyebaran Covid-19, sekolah boleh menyelenggarakan pembelajaran dengan sistem 'shift' yakni maksimal 50 persen dari jumlah siswa yang ada. Waktu belajar juga dipangkas, yang pada saat normal mulai pukul 06.45 sampai pukul 15.45 Wib, menjadi pukul 07.00 sampai pukul 10.00 Wib. Pada saat pandemi Covid-19, kurikulum juga mengalami penyerdehanaan. Hal ini sesuai dengan Surat Keputusan Kepala Badan Penelitidan dan Pengembangan dan Perbukuan Nomor 018/H/KR/2020 Tentang Kompetensi Inti dan Kompetensi Dasar Pelajaran pada Kurikulum 2013 pada Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar, dan Pendidikan Menengah untuk Kondisi Khusus. 

"Ini sudah sesuai arahan dan edaran dari  Kepala Cabang Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur Wil Kabupaten Sumenep, bahwa kita bisa menyelenggarakan pembelajaran tatap muka (PTM) dengan terbatas. Untuk itu saya mewajibkan kepada seluruh warga sekolah untuk menaati prokes yang ada, mulai datang ke sekolah cek suhu, cuci tangan, parkir kendaraan sesuai jarak tanda yang disediakan, dan selalu masker" pungkas Kasek SMAN 1 Lenteng, H,Maswiyanto,M.Pd (Mam)